FreeGenes Fetch

A Node JS global module for fetching data from the FreeGenes API from the terminal.

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npm i -g freegenes-fetch

Collections

For a list of options available and code examples:

collections -h
# OR 
collections --help
 
Usage: collections [options]
 
Options:
  -V, --version      output the version number
  -a, --all          Fetch all collections
  -u, --uuid [uuid]  Fetch collection by UUID
  -f, --full         Get full collection record
  -r, --recurse      Get full collection record recursive tree
  -h, --help         output usage information
 
Examples:
  Collections:
    All:
      $ collections -a  # Get all collections 
      $ collections --all  # Get all collections 
    One:
      $ collections -u 0e19f75d-4e72-499b-924a-a55420a40606  # Get collection by uuid 
      $ collections --uuid 0e19f75d-4e72-499b-924a-a55420a40606  # Get collection by uuid 
      $ collections -fu 0e19f75d-4e72-499b-924a-a55420a40606  # Get full collection by uuid 
      $ collections --uuid 0e19f75d-4e72-499b-924a-a55420a40606 --full # Get full collection by uuid 
      $ collections -ru 0e19f75d-4e72-499b-924a-a55420a40606  # Get recursive collection by uuid 
      $ collections --uuid 0e19f75d-4e72-499b-924a-a55420a40606 --recurse # Get recursive collection by uuid 

Parts

For a list of options available and code examples:

parts -h
# OR 
parts --help
 
Usage: parts [options]
 
Options:
  -V, --version                output the version number
  -a, --all                    Fetch all parts
  -u, --uuid [uuid]            Fetch part by UUID
  -f, --full                   Get full part record
  -c, --collection [uuid]      Get parts by collection uuid
  -t, --fasta                  Return result(s) in fasta format
  -s, --save [destinationDir]  Save result(s) to .json/.fa file.
  -h, --help                   output usage information
 
Examples:
  Parts:
    All:
      $ parts -a  # Get all parts 
      $ parts --all  # Get all parts 
      $ parts -as .  # Get all parts and save to current directory 
      $ parts --all --save .  # Get all parts and save to current directory 
      $ parts -at  # Get all parts in fasta 
      $ parts --all --fasta  # Get all parts in fasta 
      $ parts --all --fasta --save . # Get all parts in fasta and save in current directory 
      $ parts -ats . # Get all parts in fasta and save in current directory 
    All By Category:
      $ parts -c 0e19f75d-4e72-499b-924a-a55420a40606  # Get all parts by category uuid 
      $ parts --collection 0e19f75d-4e72-499b-924a-a55420a40606  # Get all parts by category uuid 
      $ parts --collection 0e19f75d-4e72-499b-924a-a55420a40606 --save .  # Get all parts by category uuid and save to current directory 
      $ parts -tc 0e19f75d-4e72-499b-924a-a55420a40606  # Get all parts by category uuid in fasta 
      $ parts --collection 0e19f75d-4e72-499b-924a-a55420a40606 --fasta  # Get all parts by category uuid in fasta 
      $ parts --collection 0e19f75d-4e72-499b-924a-a55420a40606 --fasta --save .  # Get all parts by category uuid in fasta and save in current directory 
      $ parts -ats . # Get all parts by category uuid in fasta and save in current directory 
    One:
      $ parts -u 6295083d-8a28-4e9e-8b3d-9429c2544761  # Get part by uuid 
      $ parts --uuid 6295083d-8a28-4e9e-8b3d-9429c2544761  # Get part by uuid 
      $ parts --uuid 6295083d-8a28-4e9e-8b3d-9429c2544761 --save .  # Get part by uuid and save to current directory 
      $ parts -tu 6295083d-8a28-4e9e-8b3d-9429c2544761  # Get part by uuid in fasta 
      $ parts --uuid 6295083d-8a28-4e9e-8b3d-9429c2544761 --fasta  # Get part by uuid in fasta 
      $ parts -fu 6295083d-8a28-4e9e-8b3d-9429c2544761  # Get full part by uuid 
      $ parts -fu 6295083d-8a28-4e9e-8b3d-9429c2544761 --save . # Get full part by uuid and save to current directory 
      $ parts --uuid 6295083d-8a28-4e9e-8b3d-9429c2544761 --full  # Get full part by uuid 
      $ parts -ftu 6295083d-8a28-4e9e-8b3d-9429c2544761  # Get full part by uuid in fasta 
      $ parts --uuid 6295083d-8a28-4e9e-8b3d-9429c2544761 --full --fasta  # Get full part by uuid in fasta 
      $ parts --uuid 6295083d-8a28-4e9e-8b3d-9429c2544761 --full --fasta  --save .  # Get full part by uuid in fasta and save to current directory 

Plates

For a list of options available and code examples:

plates -h
# OR 
plates --help
 
Usage: plates [options]
 
Options:
  -V, --version      output the version number
  -a, --all          Fetch all plates
  -u, --uuid [uuid]  Fetch plate by UUID
  -f, --full         Get full plate record
  -r, --recurse      Get full plate record recursive tree
  -h, --help         output usage information
 
Examples:
  Plates:
    All:
      $ plates -a  # Get all plates 
      $ plates --all  # Get all plates 
      $ plates -af  # Get all plates with wells 
      $ plates --all --full # Get all plates with wells 
    One:
      $ plates -u a364eab8-0c68-46b2-8aca-51b72d2f3cb5  # Get plate by uuid 
      $ plates --uuid a364eab8-0c68-46b2-8aca-51b72d2f3cb5  # Get plate by uuid 
      $ plates -fu a364eab8-0c68-46b2-8aca-51b72d2f3cb5  # Get full plate by uuid 
      $ plates --uuid a364eab8-0c68-46b2-8aca-51b72d2f3cb5 --full # Get full plate by uuid 
      $ plates -ru a364eab8-0c68-46b2-8aca-51b72d2f3cb5  # Get recursive plate by uuid 
      $ plates --uuid a364eab8-0c68-46b2-8aca-51b72d2f3cb5 --recurse # Get recursive plate by uuid 

Wells

For a list of options available and code examples:

wells -h
# OR 
wells --help
 
Usage: wells [options]
 
Options:
  -V, --version      output the version number
  -a, --all          Fetch all wells
  -u, --uuid [uuid]  Fetch well by UUID
  -f, --full         Get full well record
  -h, --help         output usage information
 
Examples:
  Wells:
    All:
      $ wells -a  # Get all wells 
      $ wells --all  # Get all wells 
    One:
      $ wells -u 52b1f905-ff09-4452-9ef1-a59c0afb9638  # Get well by uuid 
      $ wells --uuid 52b1f905-ff09-4452-9ef1-a59c0afb9638  # Get well by uuid 
      $ wells -fu 52b1f905-ff09-4452-9ef1-a59c0afb9638  # Get well with samples 
      $ wells --uuid 52b1f905-ff09-4452-9ef1-a59c0afb9638 --full # Get well with samples 

Samples

For a list of options available and code examples:

samples -h
# OR 
samples --help
 
Usage: samples [options]
 
Options:
  -V, --version      output the version number
  -a, --all          Fetch all samples
  -u, --uuid [uuid]  Fetch sample by UUID
  -f, --full         Get sample record with wells
  -h, --help         output usage information
 
Examples:
  Samples:
    All:
      $ samples -a  # Get all samples 
      $ samples --all  # Get all samples 
    One:
      $ samples -u 1c8c856d-e4fd-4755-aa3c-92f34936f800  # Get sample by uuid 
      $ samples --uuid 1c8c856d-e4fd-4755-aa3c-92f34936f800  # Get sample by uuid 
      $ samples -fu 1c8c856d-e4fd-4755-aa3c-92f34936f800  # Get sample with wells 
      $ samples --uuid 1c8c856d-e4fd-4755-aa3c-92f34936f800 --full # Get sample with wells